Pojem ontológia pochádza z filozofie, kde je definovaná ako odvetvie metafyziky zaoberajúce sa identifikáciou druhov vecí (v ich najvšeobecnejšom ponímaní), ktoré skutočne existujú.

Ontológia predstavuje explicitnú a formálnu špecifikáciu zdieľaných konceptualizácií znalostnej domény. Explicitná je preto, pretože definuje vlastnosti, vzťahy, ale aj funkcie a obmedzenia, ktoré ich tvoria. Prívlastok formálna dostala preto, pretože je strojovo čitateľná a interpretovateľná. Ontológia je teda definícia množiny konceptov, taxonómie, vzájomných vzťahov a pravidiel nejakej domény. Stručne môžeme povedať, že ontológia je štruktúra na popis domény.